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做让自己感动的工作

2017-11-15 21:12:10| 查看: 492|

 11月10日,我校第206期JC学术沙龙在华中农业大学图书馆一楼会议室举行。本次沙龙邀请了信息学院在读博士生王小滔主讲。王小滔的研究方向主要包括染色质三维结构特征提取及相应算法开发、染色质三维结构对基因调控的影响,他以独立第一作者身份在国际知名期刊《核酸研究》上发表了两项关于“染色质拓扑相关结构域结构和功能”的研究结果,其开发的三个生物信息软件已有万余次下载量。


(通讯员 徐明睿 裴晨辰 胡芳花1110日,我校第206JC学术沙龙在华中农业大学图书馆一楼会议室举行。本次沙龙邀请了信息学院在读博士生王小滔主讲。王小滔的研究方向主要包括染色质三维结构特征提取及相应算法开发、染色质三维结构对基因调控的影响,他以独立第一作者身份在国际知名期刊《核酸研究》上发表了两项关于“染色质拓扑相关结构域结构和功能”的研究结果,其开发的三个生物信息软件已有万余次下载量。

王小滔深入浅出地向大家介绍了自己在“染色质拓扑相关结构域结构和功能”方面的两项研究成果和心路历程。通过介绍拓扑相关结构域(TADs)的发现、拓扑相关结构域的特点及形成机理等,王小滔总结出TADs不仅是染色质的一个结构单位,还是一个作用于发育和疾病发生、基因组复制时序调控等的功能单位。尽管如此,早期科学界对TADs的研究并不深刻,也使王小滔产生了许多问题。TADs的内部结构是怎样的?TADs内部结构与染色质功能之间有什么关系?TADs内部结构的变化会伴随怎样的功能转变?带着这样的困扰,王小滔展开了他的第一项研究工作。他利用来自人和小鼠9个细胞系的Hi-C和原位Hi-C数据集,深入研究了TADs的结构异质性与功能差异,通过定义一个能够衡量TADs内部结构特征的量化指标Aggregation PreferenceAP),他得出TADs内部结构同染色质活跃状态有很强的耦连关系,TADs在不同细胞系中发生的内部重排通常伴随着基因表达调控的变化等成果。

在层次化结构域发现之后,混乱的定义、不同算法识别结果的巨大差异、不同层次结构域在生物学功能上差异的研究空白等问题也浮现出来。王小滔敏锐地察觉到这项研究的意义,并着手有关拓扑相关结构领域的第二项工作。从改进层次化结构域的定义及算法流程入手,王小滔又开发出了一套HiTAD算法,该算法在多个评价指标上均优于现有算法,利用多组人类和小鼠Hi-C数据,他发现TADsSub-TADs在关联染色质高阶结构、基因组复制时序调控以及基因转录调控上具有重要区别。

在谈到自己的探索历程和感悟时,王小滔感叹道:“从一开始得不到想要的结果到论文被拒再到从头开始,找到研究初始的状态,最后能做出成果,我想最重要的秘诀就是:坚持做让自己感动的工作。”他用肉眼观察了一万多张数据图的经历让在座所有听众都感到惊叹和感动,在有人提出“用肉眼看这些图和看二维码一样,能看出什么来呢?”的质疑时,王小滔回答说:“人是比计算机强大的,只要你肯看,一定能看出规律。不断提出猜想再用计算机验证,这种体验使我发觉到了研究的意义。”

(审核人:李林)